У Лукьяненко периода становления можно выделить трилогию «Линия Грёз» — «Императоры Иллюзий» — «Тени снов», как весьма и весьма нетрадиционную космическую оперу, для которой определили жанр «философско-космическая опера»; трилогии «Сегодня, мама!» и «Лорд с планеты Земля»; повести «Рыцари сорока островов» и «Мальчик и тьма» как произведения-вызовы Крапивинской линии в «подростковой фантастике» и «фантастике о подростках». Начиная с 1997 года, всё более-менее значимые книги Сергея Лукьяненко стали доступны читателям.

Серьёзными достижения в творчестве писателя можно назвать: дилогию про Диптаун «Лабиринт отражений»/«Фальшивые зеркала», в чём-то ставшей культовой для Рунета 90-х; роман «Осенние визиты» — самое «тёмное» произведение автора, написанное в реалиях постперестроечных 90-х; дилогию «Искатели неба» («Холодные берега»/«Близится утро») — попытку в рамках традиционной «воровской фэнтези» создать свой миф о Спасителе; «Спектр» — самый стилистически изощрённый роман автора, собравший почти все премии фендома за год; цикл «Дозоры», своей экранизацией принёсший автору бешеную популярность.

Писал в соавторстве в Ником Перумовым («Не время для драконов»), Юлием Буркиным («Остров «Русь»»), Владимиром Васильевым («Дневной дозор»).

Создал книгу по браузерной онлайновой компьютерной игре «Starquake» — «Конкуренты».

Свой жанр Сергей Лукьяненко определяет как «Фантастику жёсткого действия» или «Фантастику Пути».

Помимо большого числа других литературных премий, в 1999 году Сергей Лукьяненко стал самым молодым на нынешний день лауреатом «Аэлиты» — старейшей отечественной премии, присуждаемой за общий вклад в развитие фантастики.

Первые книги Сергея Лукьяненко вышли на рубеже 80-90 годов. Начав с вещей, в которых сильно чувствовалось подражание Крапивину (из наших), Хайнлайну (из зарубежных) достаточно быстро перешёл к творчеству в собственном оригинальном стиле. Известность Сергею принесли повести «Рыцари сорока островов» (полемика с Крапивиным) и «Атомный сон». Первая НФ публикация — «Нарушение» («Заря» (Алма-Ата), 1988) и «Чужая боль». Первый авторский сборник — «Атомный сон»

Был членом редколлегии журнала «Миры», издававшегося в Алма-Ате А. Кубатиевым. Был активным участником алма-атинского КЛФ «Альфа Пегаса» , его литературным консультантом. Принимал участие в библиографическом листке ВС КЛФ и Совета ВО КЛФ под редакцией И. Халымбаджи. Участник семинара в Дубултах (1989, группа С. Снегова ). Член ВТО, участник Ялтинских семинаров 1990, 1991, «Тирасполь-93», «Сибкон-93, 95».

В начале 90-х тесная связь Лукьяненко с фэн-средой и использование внутренних реалий как советского (российского/русскоязычного) фэндома, так и сети Фидо, активным участником которой он является, обеспечили ему широкую популярность в этих достаточно узких, но влиятельных читательских кругах. Однако дальнейший яркий коммерческий успех его книг у широкого читателя показывает, что корни этой популярности гораздо глубже — в художественном мастерстве и идейном новаторстве все ещё молодого автора, так созвучного настроениям 90-х гг.